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Coronavirus

Origine Coronavirus, scienziato Usa trova prime sequenze Covid 19 cancellate

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 Nuovo colpo di scena nella ricerca delle origini del SarsCov2: un ricercatore americano, Jesse Bloom del Fred Hutchinson Cancer Research Center, ha identificato dei dati che contengono sequenze del virus SarsCov2risalenti all'inizio dell'epidemia a Wuhan,  rimosse deliberatamente dall'archivio delle sequenze del National Institute of Health americano. Il ricercatore, come si legge su Biorxiv (che raccoglie gli articoli non ancora vagliati dalla comunità scientifica) e anche sul sito della rivista Science, ha recuperato i file cancellati da Google Cloud e ricostruito le sequenze parziali di 13 virus dei primi tempi dell'epidemia.
 
"L'origine e la diffusione  precoce di Sars-CoV-2 rimangono avvolte nel mistero".  Ha detto nelle prime righe  di uno studio destinato a gettare nuova luce sugli 'albori' della  pandemia di Covid-19 e ad allungare al tempo stesso ombre sulle  informazioni condivise dalla Cina con il resto del mondo. Il ricercatore presenta i risultati di un'accurata attività di indagine e ricostruzione che parte da un'anomalia da lui  intercettata. Bloom si accorge che un set di dati contenente sequenze  di Sars-CoV-2 risalenti all'inizio dell'epidemia di Wuhan è stato  cancellato dall'archivio di lettura della sequenza dei National  Institutes of Health. E allora si mette sulle loro tracce riuscendo a  recuperare i file cancellati (da Google Cloud) e a "ricostruire  sequenze parziali di 13" dei primi campioni del virus.        Ed è qui che si imbatte anche in quello che si configura come un  giallo. Lo scienziato nel suo lavoro lo definisce un "fatto  misterioso" e inaspettato. Il primo elemento che però segnala fin  dall'abstract del lavoro è che: "L'analisi filogenetica di queste  sequenze" cancellate "nel contesto di dati esistenti accuratamente  annotati suggerisce che le sequenze del mercato dei frutti di mare di  Huanan che sono al centro del rapporto congiunto Oms-Cina non sono  pienamente rappresentative del virus che circolava a Wuhan all'inizio  dell'epidemia. Invece, il progenitore delle sequenze conosciute di  Sars-CoV-2 conteneva probabilmente tre mutazioni relative al virus del mercato, che lo rendevano più simile ai 'parenti' coronavirus del  pipistrello".
 
Quindi, secondo Bloom, i primi virus studiati  dall'Oms non sarebbero pienamente rappresentativi di tutti i ceppi  virali in circolazione in quei primi mesi. Nella sua avvincente  ricostruzione - degna di una spy story - lo scienziato prova a trovare una spiegazione ai file mancanti. E conclude che "non c'è una ragione  scientifica plausibile per la cancellazione: le sequenze sono  perfettamente concordanti con i campioni descritti dagli autori di uno studio del 2020 (Wang e altri) e non ci sono correzioni al documento,  nel quale si afferma peraltro che è stata ottenuta l'approvazione dei  soggetti e che il sequenziamento non mostra prove di contaminazione da campione a campione. Sembra quindi probabile che le sequenze siano  state cancellate per oscurarne l'esistenza", ipotizza Bloom.        "I campioni dei primi pazienti ambulatoriali a Wuhan sono una miniera  d'oro per chiunque cerchi di capire la diffusione del virus", prosegue Bloom. Capire cosa è successo nella metropoli del gigante asiatico  dove ha fatto la sua prima comparsa il patogeno "è fondamentale per  tracciare le origini del virus, compresa l'identificazione degli  eventi che hanno portato all'infezione del paziente zero". Bloom  aggiunge: "Anche la mia analisi delle sequenze parziali è  rivelatrice".
 
Ed entra nel merito dei 'gialli' da chiarire, che vengono suggeriti dai dati recuperati: "I tentativi di dedurre" il  progenitore di Sars-CoV-2 "sono stati confusi da un fatto: le prime  sequenze riportate di Wuhan non sono le sequenze più simili al  correlato coronavirus del pipistrello. Il fatto lascia perplessi  perché, sebbene l'origine prossimale di Sars-CoV-2 rimanga poco chiara (zoonosi versus incidente di laboratorio), tutte le spiegazioni  ragionevoli convergono sul fatto che a un livello più profondo il  genoma di Sars-CoV-2 sia derivato dai coronavirus dei pipistrelli".        "Ci si aspetterebbe quindi - prosegue il suo ragionamento - che le  prime sequenze del virus riportate siano le più simili a questi  coronavirus di pipistrello, ma" in questo caso "non sembrerebbe essere così". "Le prime sequenze di Sars-CoV-2 sono state raccolte a Wuhan a  dicembre, ma queste sono più distanti" dal gruppo dei coronavirus del  pipistrello correlati "rispetto alle sequenze raccolte a gennaio da  altre località della Cina o anche da altri Paesi", avverte Bloom  avanzando alcune possibili spiegazioni di questa incongruenza.        Lo scienziato ha anche cercato di contattare gli autori cinesi che  descrivevano i campioni finiti 'nel suo mirino', ponendo loro le  domande che restavano aperte dalla sua analisi. Ma non ha ottenuto  risposta. Quindi Bloom conclude il documento ribadendo l'incompletezza dei dati che ha potuto analizzare e la difficoltà a trarre  conclusioni. L'indagine, sottolinea però, deve continuare.